Bên cạnh việc khai thác dịch vụ vận tải đường biển, vận tải container trên tuyến đường sông cũng là một trong những thế mạnh mà hiện nay Gemadept Shipping đang tập trung đầu tư khai thác.
- HCM – PNH – HCM:
Khai trương từ năm 2004, tuyến vận tải HCM-PHNOMPENH của Gemadept là cầu nối quan trọng giữa Việt Nam và Campuchia qua hệ thống sông Mê Kông. Lịch tàu ổn định cùng với số lượng chuyến trải đều mỗi tuần, đội sà lan từ 72 – 160 teus, GSC có thể tiếp nhận lượng hàng từ nhiều khu vực, đáp ứng nhu cầu đa dạng của khách hàng: khu vực Tp.HCM (ICDs, Cát Lái, Tân Cảng Hiệp Phước, VICT, SPCT,…) và các cảng thuộc cụm cảng Cái Mép.
- HCM – CTO – HCM:
Tuyến Cần Thơ liên tục dẫn đầu về thị phần vận tải khu vực đồng bằng sông Cửu Long, với lịch tàu 03 chuyến/tuần, GSC nhận và giao hàng tại Cần Thơ ở các khu vực cảng Hoàng Diệu, Cái Cui, Trà Nóc.
- Nhận và giao hàng tại tất cả các cảng hoặc ICDs có cầu bến cho sà lan trong khu vực HCM.